كانت النيابة باشرت التحقيقات، تحت إشراف المستشار خالد ضياء الدين المحامي العام الأول لنيابة أمن الدولة العليا، وباشر فريق من محققي النيابة التحقيقات برئاسة المستشار محمد وجيه المحامي العام الأول بنيابة أمن الدولة العليا.

وكشفت التحقيقات أن المتهم الرئيسى في حادث الواحات الإرهابية القيادى عبدالرحيم محمد عبدالله المسماري «ليبى الجنسية» تدرب وعمل تحت قيادة الإرهابى المصرى المتوفى عماد الدين أحمد وشارك في العملية الإرهابية التي استهدفت رجال الشرطة بالواحات واختطاف النقيب محمد الحايس.

وتبين من التحقيق أن المتهم المسمارى تلقى تدريبات بمعسكرات داخل الأراضي الليبية، وكيفية استخدام الأسلحة الثقيلة وتصنيع المتفجرات وتسلل لمصر لتأسيس معسكر تدريب بالمنطقة الصحراوية بالواحات كنواة لتنظيم إرهابى تمهيدا لتنفيذ سلسلة من العمليات العدائية تجاه دور العبادة المسيحية وبعض المنشآت الحيوية.

وأسندت نيابة أمن الدولة العليا إلى الإرهابى الليبى اتهامات بالقتل العمد مع سبق الإصرار بحق ضباط وأفراد الشرطة في طريق الواحات، تنفيذا لغرض إرهابي، والشروع في القتل العمد تنفيذا لذات الغرض، وحيازة وإحراز أسلحة نارية وذخائر مما تستعمل عليها والتي لا يجوز الترخيص بحيازتها أو إحرازها، وحيازة مفرقعات، والانضمام إلى تنظيم إرهابى، والانضمام إلى جماعة أسست على خلاف أحكام القانون والدستور تستهدف الاعتداء على أفراد القوات المسلحة والشرطة ومنشآتهما، والإخلال بالنظام العام وتعريض سلامة المجتمع وأمنه للخطر.